Lo si vede soprattutto d'estate, quando il sole è sufficientemente alto per illuminare l'interno della chiesa inferiore, nell'ora dorata del tramonto. Il fenomeno doveva essere molto più vistoso prima che Sisto IV facesse costruire il chiostro retrostante l'abside, che con le sue arcate impedisce ai raggi del sole di raggiungere l'interno del braccio meridionale del transetto. Perché altrimenti sarebbe stato dato il titolo di "Madonna dei tramonti" all'immagine della Madonna col Bambino che Pietro Lorenzetti dipinse all'altare di San Giovanni Evangelista sotto la grande Crocifissione? Sulla parete che fa angolo, Lorenzetti dipinse una finta panca con un bracciolo che proietta un'ombra dipinta che sembra vera. Un gioco di ombre portate che s'intreccia tra un finto oggetto e la luce vera entrata dalla porta finestra per la quale si accede al convento. Un gioco umano, troppo umano per richiamare un significato divino. Ben altro significato ha il gioco di luce che si specchia nel transetto nord sull'altare di Santa Elisabetta di Ungheria, patrona dei penitenti e del Terz'Ordine francescano. La luce dorata che illumina la chiesa nell'ora del tramonto, passando per la porta finestra nel transetto nord, colpisce la parete all'angolo dove Simone Martini dipinse un’immagine della Madonna col Bambino tra i santi Stefano d'Ungheria e Ladislao, e con accanto i santi Francesco, Ludovico da Tolosa, Elisabetta e Margherita, entrambe principesse ungheresi. L'altare fu probabilmente commissionato dalla casa reale ungherese, come ex voto per la felice conclusione dell'intricata successione al trono, grazie all'intermediazione del cardinale francescano Gentile Partino da Montefiore. Il fondo dell'affresco è interamente rivestito da una lamina d'oro, che riflette in mille direzioni i raggi del sole. Una stella d'oro compare sul manto di Maria, a ricordo dell'origine del suo nome. Come la luce del sole attraversa la porta nell'ora del tramonto, illumina l'immagine di Maria e invia dal fondo d'oro mille riflessi all'interno della chiesa, invitando i frati nell'ora del vespro a cantare l'ufficio di Maria: "Ave maris stella / Dei Mater alma / atque semper virgo / felix caeli porta".