Il corpo di San Francesco è tumulato sotto l’altare della Basilica Inferiore di Assisi. Alla sua tomba si accede attraverso due rampe di scale. Il luogo, volutamente spoglio, costituisce il cuore del santuario francescano. Il Santo morì alla Porziuncola la sera del 3 ottobre del 1226.

Il suo corpo fu traslato temporaneamente nella chiesa di San Giorgio, di cui rimangono ancora alcuni elementi architettonici all’interno del chiostro del monastero clariano.

Il 25 maggio del 1230 il corpo del Santo fu inumato definitivamente, con grande solennità, nella Basilica a lui intitolata, ma ancora in costruzione. Da allora, quello che era indicato popolarmente come il “colle dell’Inferno”, perché luogo di esecuzioni capitali, divenne nell’immaginario devozionale il “colle del Paradiso”. Fra Elia, il celebre fattivo promotore del vasto cantiere assisiate, depose il corpo del Poverello sotto l’altare maggiore, racchiuso in un sarcofago di pietra pesante dodici quintali e inchiavardato in una gabbia di ferro, poi ricoperto da pesanti lastre di travertino, ricoprendo il tutto con colate di calcestruzzo.

A seguito di richieste reiterate lungo i secoli, Pio VII permise che si procedesse al rinvenimento delle sacre spoglie. L’opera di escavazione segreta, durata 52 notti, dal 12 ottobre al 2 dicembre 1818, presentò difficoltà immani e quasi insormontabili. A rinvenimento effettuato, un’apposita commissione costituita dai vescovi dell’Umbria, da periti laici e da notai, procedette finalmente alla riapertura della Tomba e all’oculata ricognizione dei resti mortali del Santo, ridotti allo stato di scheletro.

Esauriti gli esami necessari e i normali atti processuali, Pio VII, con rescritto del 5 settembre 1820, dichiarava certa e indubitabile l’identità del corpo di San Francesco, decretandone l’assoluta inamovibilità dal luogo originario, ordinando nel contempo anche l’allestimento di una cripta decorosa e pienamente agibile. La cripta fu realizzata in compiuto stile neoclassico dall’architetto romanico Pasquale Belli. Tra il 1926 e il 1932, l’architetto Ugo Tarchi, la ridusse in stile neo-romanico per assecondare un clima di maggiore semplicità. La cripta ospita, in perfetto asse con l’Altare Maggiore della Basilica Inferiore, l’urna di pietra che per secoli ha conservato e tutelato le spoglie del Poverello di Assisi. Ai quattro cantoni della crociera furono poi traslate, dal transetto sinistro della Basilica Inferiore, le spoglie mortali di quattro seguaci di San Francesco: frate Rufino, frate Leone, frate Masseo e frate Angelo Tancredi. In fondo alla piccola navata, all’incrocio delle scale di accesso, furono traslate e qui tumulate anche le spoglie mortali di Jacopa de’ Settesoli, nobildonna romana che San Francesco chiamava affettuosamente con il nome di “frate” Jacopa.

Il 24 gennaio 1978, per disposizione di Paolo VI, si procedette ad una nuova ricognizione del corpo di San Francesco, che oltre a confermare i dati precedenti, permise anche un migliore intervento conservativo delle spoglie, sistemate in una piccola scatola di plexiglass, chiusa nella precedente cassa bronzea del 1820, a sua volta deposta nell’originale urna di pietra.

Davanti alla Tomba del Santo arde la lampada votiva anch’essa progettata da U.Tarchi che viene alimentata dall’olio donato ogni anno da una diversa regione italiana per la festa annuale del 4 ottobre e che reca inciso il verso dantesco: “Non è che di suo lume un raggio”.

Il restauro portato ottimamente a termine nel 2011 figura come il primo restauro della cripta di San Francesco dopo la ricostruzione del Tarchi.