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Ugo o Ugolino, nipote di Innocenzo III, figlio di un conte di Segni, nasce ad Anagni intorno al 1155 e viene eletto alla cattedra di Pietro il 19 marzo 1227 con il nome di Gregorio IX: questo monaco camaldolese, al contrario del suo mite predecessore «aveva un carattere autoritario, inflessibile, eccezionalmente energico, ma insieme profondamente religioso», come riporta lo storico John Kelly. Usò la sua autorità - Gregorio IX continua la posizione teocratica di Innocenzo III - contro le pretese egemoniche, pericolose per la libertas Ecclesiae, dell'imperatore Federico II (1220-1250). Usò la sua religiosità mantenendo frequenti contatti amichevoli con i movimenti spirituali contemporanei (fu molto amico di san Domenico e soprattutto di san Francesco): conobbe direttamente alcuni dei santi da lui stesso canonizzati; a Gregorio IX si devono i processi di canonizzazione di Francesco d'Assisi (1228), di Antonio di Padova (1232), di Domenico di Guzman (1234), di Elisabetta d'Ungheria (1235).


Nel 1140 il monaco camaldolese Graziano, magister a Bologna, aveva raccolto le norme di diritto canonico della Chiesa: la sua opera costituì il nucleo fondamentale del Corpus Juris Canonici, che fino al 1918 rimase testo fondamentale del diritto canonico. Nel Medioevo Gregorio avrebbe aggiunto una sua raccolta, il Liber extra decretum (1234), prima raccolta completa e autorevole delle decretali papali, compilata dal canonista spagnolo Raimondo da Penafort e divenuta fonte principale del diritto canonico fino a Pio X e Benedetto XV. Occorre aprire una parentesi importante: quella relativa alla triste storia dell'Inquisizione. Essa fu organizzata in verità sotto Innocenzo III: la repressione degli eretici e l'inquisizione (dal latino inquisitio, inchiesta), vale a dire l'istituzione ecclesiastica incaricata di ricercare (inquirere) e punire gli eretici nasce sotto Innocenzo III, ma forse la prima effettiva legge inquisitoriale la abbiamo proprio sotto il pontificato di Gregorio. Infatti nel 1224 era stata promulgata, da parte di Gregorio IX e dell'imperatore Federico II, una legge inquisitoriale per la Lombardia. «Ebbe così inizio uno dei più tristi capitoli della storia della Chiesa. Non furono posti limiti alle pratiche inumane dei brutali giustizieri. Molto sangue innocente fu versato e quest'eccesso di atrocità e di sofferenze ricadde sull'umanità. Quando poi questa tremenda istituzione fu posta anche al servizio della folle credenza nella stregoneria, si toccò veramente il livello più basso. Ciechi fanatici, che credevano di agire in nome di Gesù, del Signore misericordioso del discorso della montagna e della buona notizia della redenzione, causarono a una povera umanità un'infinita somma di sofferenze. Che fatti orribili come questi siano stati possibili possiamo constatarlo con profonda vergogna, ma ci è del tutto impossibile tentare di comprenderlo», scrive lo storico August Franzen.


Ma buona parte del pontificato di Gregorio IX fu occupata dallo scontro con l'imperatore Federico II: nella grande lotta tra regnum e sacerdotium, tra l'imperatore Federico II e papa Gregorio IX con i successivi pontefici, il problema fondamentale era quello di decidere a quale delle due potenze spettasse la supremazia. Il 29 settembre 1227 Gregorio scomunicò Federico perché il giovane imperatore aveva ripreso la tradizionale politica sveva in Sicilia con l'intenzione di occupare l'Italia meridionale: il fatto costituiva un grave pericolo per la libertas Ecclesiae. Dal 1227 al 1230 i rapporti tra Stato e Chiesa furono determinati da una continua tensione, fino a quando si giunse finalmente a una riconciliazione con il trattato di San Germano del 1230. Federico s'impegnava a non violare il patrimonio di San Pietro e Gregorio ritirò la sentenza di scomunica. Ma nel 1238 il conflitto tra Papa e imperatore divampò di nuovo: divenne evidente al Papa che l'imperatore era totalmente orientato alla sovranità sull'intera Italia, non escludendo neppure Roma, profilandosi il pericolo di un accerchiamento dello Stato pontificio. Gregorio rinnovò la sua scomunica (1239). Lo scontro si fece violento: l'imperatore veniva identificato con l'Anticristo dalla curia romana mentre il Papa fu considerato da Federico II come il traditore di Cristo, la rovina della Chiesa. Mentre l'imperatore invadeva lo stato pontificio accerchiando Roma, il Papa convocava un concilio universale. Esso non ebbe luogo perché l'anziano pontefice, quasi centenario, morì il 22 agosto 1241.(Tracce)